A través de la ortopantomografía se pueden detectar condiciones sistémicas generales que van más allá de nuestro enfoque odontológico. Una de las  enfermedades más importantes, por su alta tasa de mortalidad,  que se pueden reconocer a través de esta técnica es la ateroesclerosis, la cual está íntimamente relacionada con infartos de miocardio y accidentes cerebrovasculares. Los ateromas son placas que contienen restos de grasa, colesterol, plaquetas y restos celulares que se depositan en la capa interna de las arterias carótida y coronarias, en las cuales se precipitan sales minerales, predominantemente de calcio. La calcificación de estas placas ateromatosas  pueden observarse en las esquinas inferiores de la radiografía panorámica entre la columna cervical y el hueso hioides. Radiográficamente se presentan como una radiopacidad nodular o como una radiopacidad lineal doble a nivel cervical. Es importante realizar el diagnóstico diferencial con otras calcificaciones que pueden aparecer a ese mimo nivel, tales como la calcificación de los cartílagos tritíceo y tiroideo, ganglios infartados calcificados asociados comúnmente a tuberculosis o la presencia de calcificaciones de otros vasos sanguíneos como flebolitos.

Otra enfermedad importante que es posible evaluar a través de la radiografía panorámica es la osteoporosis, que es el aumento de la porosidad y fragilidad ósea, representando un problema de salud pública sobre todo en mujeres posmenopáusicas. Esta puede ser detectada mediante el estudio del reborde basal mandibular, donde se pueden determinar diferentes grados de osteopenia. El reborde basal mandibular es un indicador importante del estado de densidad ósea esqueletal, en el cual es posible observar signos radiográficos como adelgazamiento de la cortical o la presencia de defectos óseos semilunares, siendo estos sugerentes de una pérdida de densidad ósea generalizada.

Así mismo, es posible observar manifestaciones de enfermedades como la diabetes mellitus, hiperparatiroidismo, tuberculosis o metástasis de neoplasias malignas, debido al amplio campo diagnóstico que ofrece la ortopantomografía.